주일연합예배 대표기도는 남자 목자이든 여자 목자이든 목자들이 순번을 정해 돌아가며 하게 됩니다. 만약 주일예배 대표기도에 목자가 부재할 경우에는 목녀가 대표기도를 합니다. 그리고 수요기도회 때에는 지금은 순서를 잠시 빼 두고 있지만, 목녀들이 돌아가면서 대표기도를 합니다. 주일연합예배 때 무단으로 기도순서를 거를 경우에는 그 해 동안에는 대표기도할 기회를 주지 않습니다. 목자와 목녀는 바른 기도를 드림으로써 목원들에게 기도의 모범이 되어야 합니다. 대표기도의 순번을 주보에 공지하고 있는데, 자신의 기도 주간이 돌아오면 먼저 기도로 준비해야 합니다. 기도는 교인들에게 자신의 무엇을 보여주려고 하는 것이 아니라 하나님께 하는 것이므로 너무 사람을 의식하지 않아야 합니다. 하나님의 성품을 찬양하고, 우리를 위해 도와주시고 인도해 주신 은혜를 감사하며, 주님 뜻대로 살지 못한 죄와 허물을 회개하고 용서를 구합니다. 그리고 필요한 것들을 영역별로 간구하는 기도를 드리되 하나님을 앞에 두고 말씀 드리는 식으로 합니다. 대표기도는 3분을 넘기지 않도록 서면으로 준비하고 읽도록 합니다.